《牟子理惑论》是一部辑录东汉牟子《理惑论》及相关文献的学术汇编。全书以《牟子理惑论》为核心，汇集了历代典籍中关于牟子及其著作的引文与考证。

该书主体部分为《牟子理惑论》三十七篇，采用问答体形式，通过牟子与问者的对话，系统阐释佛教基本教义。内容涵盖佛陀生平、佛教宇宙观、修行方法等，并大量引用儒道经典进行比附论证，体现了早期佛教中国化的思想特征。

附录部分辑录了《世说新语》《文选》《摩诃止观辅行传》等古籍中涉及牟子的记载，以及周叔迦、洪颐煊、孙诒让等学者的考证文章。其中梁启超《牟子辩伪》与胡适《与周叔迦论牟子书》的论辩，尤为学界所重。

本书由周叔迦辑校，民国时期由光明印刷局刊行。虽篇幅不长，但保存了汉魏佛教思想的重要史料，对于研究佛教初传中国的思想融合过程具有独特价值，是佛教文献学与思想史研究的重要参考资料。